在农业生态系统中生物的种类繁多，主要有土壤生物、森林生物、淡水生物、草原与草山生物、农田生物。总结一下，土壤生物的作用主要有以下几个方面：
一、土壤生物促进土壤形成。母岩风化的矿化物质并不是土壤，还要加入有机物质和能量并经过生物的作用才能形成土壤。土壤生物对土壤的形成起着关键作用。
二、土壤生物改善土壤的物理性能。种植于土壤中的深根植物、挖掘土壤的动物和数量巨大的微生物的活动，大大改善了土壤的结构、孔隙度和通气性。脊椎动物尤其是啮齿类动物挖掘深度1~2m，有的旱獭洞可深达4m;有的地方每公顷可达20万个洞。打洞疏松了土壤，加速了土壤的风化作用，改善了土壤的水热状况。
三、土壤生物提高了土壤质量。据分析，经过蚯蚓作用的土壤在有效磷、有效钾、有效钙等多方面都有明显增加。
四、土壤生物影响土壤覆盖层。有些动物从土层中掘出大量土壤堆积成土丘，改变了局部地形。在风力的作用下，疏松的土壤被吹走。这样在有洞穴的地方形成了盆地。在雨水的作用下，又出现了灌木、盐木及草本植物。
